（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担综合协调、文电会务、机要保密、政务公开、信息、安全、档案、督查、综治维稳等工作，办理人大代表建议和政协提案。组织制定机关管理有关制度和工作计划。负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、教育培训、人才队伍和离退休人员服务管理和党群工作等。负责机关和所属事业单位的基本建设、国有资产、政府采购和内部审计工作，负责经费规划、财务预算、财务核算、工资统发等财务工作。负责自然资源领域政策研究工作。拟定全地区自然资源领域科技创新发展和人才培养规划和计划。牵头组织编制全地区自然资源发展中长期规划和年度计划。开展相关问题调查研究，负责相关文稿的起草。协调自然资源领域综合改革有关工作。承担综合统计和机关专业统计归口管理。
（二）自然资源权益和调查科。贯彻执行各类自然资源和不动产统一确权登记、地籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范；承担指导监督全地区自然资源和不动产确权登记工作；负责本系统改革相关工作；承担部门行政许可服务有关工作；负责行政服务窗口运行管理工作；建立健全自然资源和不动产信息管理基础平台，管理登记资料；负责全地区林权确权登记工作。贯彻执行国家自然资源调查监测评价指标和统计制度，落实自然资源定期调查监测评价制度；定期组织实施自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价；组织实施实景三维阿里建设，配合做好高新数字产业相关工作；组织开展水、林地、草地、湿地资源等专项调查监测评价工作；承担自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。拟定全地区基础测绘规划、计划并监督实施。组织实施基础测绘和地理信息资源建设等项目；管理和维护测绘基准、测绘系统；监督管理民用测绘航空摄影和卫星遥感。制定地区测绘行业管理措施，监督管理测绘活动、质量，按权限管理测绘资质资格，监督管理经批准的外国组织、个人在阿测绘；监督实施国家地理信息安全保密政策；负责地理信息成果管理和测量标志保护，审核重要地理信息数据；负责地图管理，审查向社会公开的地图，监督互联网地图服务，开展国家版图意识宣传教育；提供地理信息应急保障，指导监督地理信息公共服务。负责自然资源市场监督管理和动态监测，建立自然资源市场信用制度。建立政府公示自然资源价格制度，组织开展自然资源分等级价格评估。参与管理自然资源资产有偿使用工作。贯彻实施全民所有自然资源资产管理政策，建立全民所有自然资源资产统计机制，承担自然资源资产价值评估和资产核算工作。编制全民所有自然资源资产报告。编制完善自然资源清单，制定管理办法。编制全民所有自然资源资产负债表，制定相关考核措施，合理配置全民所有自然资源资产。
（三）自然资源开发利用和保护科。贯彻执行国家和自治区自然资源资产有偿使用制度，建立自然资源市场交易制度和交易平台，组织开展自然资源市场调控；制定全地区矿业权管理措施并组织实施；根据法定权限管理矿业权的出让及审核登记；承担全地区各类矿业权的统计分析工作，调处重大权属纠纷；承担保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作。管理全地区地质勘查行业和基础性、公益性地质工作，编制全地区地质勘查规划、地质灾害防治规划并监督检查执行情况；拟定矿产资源年度利用计划并组织实施；管理地区级地质勘查项目；组织协调找矿突破战略行动；组织实施地质矿产勘查专项；承担地质灾害的预防和治理工作；负责地质灾害防治资质管理；监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题；负责战略性矿产勘探开发和储备管理；承担矿产资源储量备案、登记、统计和信息发布及压覆矿产资源初审管理、矿产战略储备工作。实施矿山储量动态管理，建立矿产资源安全监测预警机制；指导矿山企业开展绿色矿山建设，配合推进绿色工业发展；监督地质资料汇交、保管和利用；监督管理古生物化石。参与地质灾害应急调查、地质灾害巡检工作；承担全地区地下水资源与环境、地热、矿泉水、矿山地质环境、地质遗迹调查、评价、监测与保护工作；承担地区地质环境公报和地质灾害防治方案的编制工作；参与地质环境监测工作标准及技术规范的制订和修改；指导全地区地质环境保护与地质灾害防治工作。指导开展地质灾害群测群防、专业监测和预报预警等工作。负责自然资源领域安全生产监管、应急处置和生态文明建设工作。
（四）国土空间用途管制科。贯彻执行国土空间用途管制制度规范和技术标准；拟定土地年度利用计划并组织实施；全面保障重点项目土地要素；开展土地综合整治工作；承担耕地、林地、草地、湿地等国土空间用途转用工作，负责建设项目用地预审和选址工作；承担报国务院、自治区人民政府、行署审批的各类土地用途转用的审核、报批工作；根据自然资源开发利用标准，组织开展评价考核，指导并监督土地资源节约集约利用。研究制定全地区开展城乡规划管理等用途管制措施；贯彻实施全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资；制定并实施耕地保护措施，组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护，负责永久基本农田划定、占用和补划的监督管理；承担耕地占补平衡管理工作；负责耕地保护措施与林地、草地、湿地等土地资源保护措施的衔接。贯彻落实国家和自治区国土空间规划相关政策，负责建立国土空间规划并监督实施；组织编制全地区国土空间规划和相关专项规划并监督实施；承担报国务院、自治区人民政府、行署审批的国土空间规划的审核、报批工作，组织编制涉及国土空间开发利用的专项规划；指导各县国土空间总体规划、详细规划的编制实施；划定落实耕地和永久基本农田、生态保护红线、城镇开发边界等控制线；建立地区国土空间规划监测、评估和预警措施；组织制定有关技术规程规范，组织实施地区重点科技工程及创新能力建设；根据授权，组织开展自然资源领域对外交流合作；承担自然资源领域军民融合发展工作；承担地区国土空间规划委员会办公室具体工作。
（五）自然资源执法科。承担规范性文件合法性审核、行政诉讼、行政复议、普法宣传、听证等工作。查处自然资源违法案件，指导协调全地区违法案件调查处理工作，协调解决跨区域违法案件查处；组织开展自然资源执法检查；协调配合自然资源督察和资产审计工作，指导监督各县开展自然资源督察和资产审计反馈问题的依法处置工作。组织全地区自然资源执法系统人员的业务培训。负责局机关法治、信访工作。